目的 基于生物信息学方法分析药物治疗骨关节炎的潜在基因靶点。方法 从基因表达综合数据库筛选出符合条件的微阵列芯片GSE41038、GSE55235、GSE55457、GSE82107，使用R语言软件筛选出差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行DEGs的基因本体论（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，并运用cytoHubba插件分析PPI网络中的中枢模块。基于DRUGBANK数据库与药物-基因相互作用数据库确定骨关节炎常用治疗药物及其靶基因，并将靶基因与中枢模块的关键基因取交集，选取4例骨关节炎患者（实验组）和4例关节创伤患者（对照组）的滑膜组织进行实时荧光定量PCR验证。结果 共筛选出111个DEGs，其中表达上调基因55个、表达下调基因56个。DEGs的生物学过程主要与细胞黏附、免疫反应、凋亡过程的正向调控有关，细胞组分主要富集在细胞外区域、浆膜、细胞外间质等，分子功能主要富集在转录因子活性与特异性序列DNA结合、蛋白质同质化活性等方面；DEGs通过白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等信号通路参与骨关节炎滑膜炎症发展。PPI网络的中枢模块包含11个关键基因。共筛选出50种治疗骨关节炎的常用药物（塞来昔布、吲哚美辛、曲马多等）及263个药物靶基因。药物靶基因与中枢模块关键基因的交集基因为血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶（MMP）1、MMP9、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）。实时荧光定量PCR结果显示，实验组滑膜组织中VEGFA、PTGS2的mRNA表达水平低于对照组，MMP9的mRNA表达水平高于对照组（均P＜0.05），两组MMP1的 mRNA表达水平差异无统计学意义（P＞0.05）。结论 VEGFA、MMP、PTGS2或为药物治疗骨关节炎的潜在基因靶点。